堆垛機控制采用手動、半自動、單機自動及聯機自動控制方式； 

手動方式采用開關控制堆垛機的水平和垂直運動及貨叉的伸縮運動。手動操作用于安裝、調試和故障狀態；

半自動方式采用開關控制堆垛機的水平和垂直運動及貨叉的伸縮運動。半自動操作用于單個動作的操作；

單機自動方式：在人機界面或監控機上輸入單機作業命令，堆垛機即自動完成一次作業，并等待下次作業；

聯機自動控制方式：由計算機管理系統發出的作業命令經由無線以太網，堆垛機上的通訊模塊在接到命令后自動完成一次作業，堆垛機的PLC及時將堆垛機的運行狀況通過遠通訊模塊和無線以太網返回輸送機PLC，監控計算機監測輸送機PLC相關位置，通過監視器將堆垛機運行狀態實時顯示；

應急手動操作：系統在WCS因為各種意外情況下，無法控制AS/RS系統和配套附屬設備時，能夠通過人工操作，完成正常的出入庫動作的功能； 

巷道堆垛機安全保護要求：滿足JB5319.2-91 《有軌巷道堆垛起重機 安全規范》為基礎；

堆垛機采用聲光報警系統，當其發生故障時報警指示燈閃爍并且伴隨有警笛聲提醒維護人員盡快解決故障，避免因發現故障不及時造成入庫堵塞及出庫斷貨等情況；

載貨臺設有貨架貨位虛實探測器，以確認貨架貨位是否有貨，避免雙重入庫。當發現貨位有貨時，停止送貨并報警。載貨臺貨叉設有中位檢測開關，以防止貨叉在堆垛機行走和升降運行時，出現誤動作，確保堆垛機運行的安全；

堆垛機上所有電機，都裝有過熱保護。變頻器設有過載保護。當出現西捷克緩沖器此類情況時，能進行有效報警； 

巷道堆垛機設有極限行程開關，如果超出正常工作行程，堆垛機將被限制動作； 

設置斷繩保護裝置，當升降用鋼絲繩斷裂載貨臺超速下降時，安全鉗可及時鉗住，避免載貨臺跌落。升降設置強制減速開關，當接近頂層或底層極限位置時，載貨臺只能慢速運行；

提升導向、運行機構、起升機構具有可靠的安全保障措施，以保證其正常運行；

堆垛機水平運行駛過貨架端頭貨位并向貨架外運行時，水平運行速度被強制變為慢速，距地軌端頭固定擋塊0.3m處停車，控制開關均為雙保險； 

堆垛機兩端頭設有液壓緩沖器，在出現故障時，實現堆垛機緩沖停車，確保堆垛機安全；  

載貨臺設有貨物托盤超差檢測，避免貨物超出堆垛機而引起事故； 

具有緊急極限限制開關，可以保證當載貨臺超出較高層貨架時，觸發開關，停止運行并有效報警。